Lionel Messi nació el 24 de junio de 1987 en la ciudad de Rosario, en la provincia de Santa Fe. Es el tercer hijo de Jorge Horacio Messi y de Celia María Cuccittini. Tiene dos hermanos mayores, Rodrigo y Matías, y una hermana menor, María Sol. Su familia paterna es originaria del municipio italiano de Recanati, de donde su bisabuelo, Angelo Messi, emigró a Argentina en 1883. Su abuela materna, quien lo alentó a dedicarse al fútbol y a quien agradece tras convertir un gol,​ se llamaba Celia Olivera de Cuccittini (26/5/1930-8/5/1998). Dos de sus primos (Maximiliano y Emanuel Biancucchi) son también futbolistas.

Con apenas cuatro años, Messi dio sus primeros pasos en el club Abanderado Grandoli, ubicado en el barrio Grandoli, al sur de Rosario, a pocas cuadras de su casa.​ Su primer entrenador fue Salvador Aparicio y después, su padre.​ Posteriormente jugó algunos partidos con el Central Córdoba. En 1994, comenzó a entrenarse en las divisiones inferiores de Newell’s Old Boys. A la edad de 11 años, le fue diagnosticada una deficiencia de la hormona de crecimiento.

En el año 2000, tras haber sido reclutado por Federico Vairo en Rosario, Messi fue a Buenos Aires a probarse a River Plate. Eduardo Abrahamian, encargado de las divisiones infantiles del club, pidió su contratación, pero esta nunca se concretó. El motivo por el cual no ingresó en la institución no quedó aclarado, las versiones van desde que River y los padres de Messi no llegaron a un acuerdo por el costo del tratamiento hormonal o que requerían que se les otorgara una casa y un trabajo a que Newell’s no permitió el pase. El 3 de septiembre, con 13 años, dio su primera entrevista a un medio de comunicación en el suplemento ‘Pasión Rojinegra’ del diario La Capital de Rosario.

El 17 de septiembre de 2000, procedente de un vuelo de Buenos Aires con escala en Madrid, llegó junto a su padre a El Prat. Los esperaba en la terminal Horacio Gaggioli, representante asociado al despacho de Josep Maria Minguella, único pariente en Lérida, quien fue el gran apoyo inicial para la familia. «Yo lo único que hice fue llamar a Carles Rexach y pedirle que hiciera una prueba a aquel chaval», se limitó a confirmar Minguella. Nada más aterrizar, Gaggioli los llevó al hotel, justo delante del Camp Nou, donde Messi durmió por primera vez en Barcelona.​ Fue citado para participar en un primer entrenamiento con el equipo infantil al día siguiente de su llegada aunque no pudo realizar las pruebas preceptivas para ingresar en el fútbol base debido a la ausencia de Rexach, responsable de la cantera en aquella época.

El departamento de fútbol base del Barcelona convocó entonces al joven argentino a un partido de prueba con el infantil A, en uno de los campos de arriba del Miniestadi, el número 3.​ «Marcó seis goles, disparó dos veces al poste y a la media parte tuvieron que cambiarle de equipo para equilibrar el amistoso», recuerda Joan Lacueva, que por aquel entonces era el ejecutivo responsable del fútbol base del club.​ Rexach lo vio en la prueba y se resolvió la situación. «Llegué con el partido empezado y no me dio tiempo a sentarme. Tenía claro que, si no le fichábamos, nos arrepentiríamos» recuerda.​ El 14 de diciembre, tras reunirse con sus padres y con el que era su agente, Horacio Gaggioli, en un bar redactó un principio de acuerdo sobre una servilleta de papel, que se firmó por todas las partes implicadas, a modo de contrato, donde Rexach se comprometía a su fichaje. La familia se trasladó así a la ciudad de Barcelona, donde Messi comenzó a jugar en las categorías inferiores de La Masía. Fue compañero de equipo de, entre otros, Cesc Fàbregas y Gerard Piqué. Uno de sus primeros técnicos fue Tito Vilanova, quien años más tarde sería su entrenador en el primer equipo.